Modelos de homologia também podem ser usados para identificar diferenças sutis entre proteínas relacionadas que nem todas foram resolvidas estruturalmente . Por exemplo, o método foi usado para identificar sítios de ligação de cátions na Na+/K+ ATPase e propor hipóteses sobre a afinidade de ligação de diferentes ATPases.
Para que são usados os modelos de homologia?
Modelagem de homologia é um dos métodos de previsão de estrutura computacional que são usados para determinar a estrutura 3D da proteína a partir de sua sequência de aminoácidos. É considerado o mais preciso dos métodos de previsão de estrutura computacional. Ele consiste em várias etapas simples e fáceis de aplicar.
O que é modelagem de homologia e por que ela é necessária?
A modelagem de homologia obtém a estrutura tridimensional de uma proteína alvo com base na semelhança entre as sequências template e alvo e esta técnica se mostra eficiente quando se trata de estudar proteínas de membrana que são difíceis de cristalizar como o GPCR, pois fornece um maior grau de compreensão de …
Como você faz um modelo de homologia?
há vários passos envolvidos na modelagem de homologia
- seleção de modelo usando sua sequência de destino. Para este propósito, você pode fazer uma pesquisa BLASTp em todas as estruturas de proteínas disponíveis (PDBs). …
- Alinhamento do modelo e sequência alvo. …
- Qualidade do seu modelo. …
- Refinamentodo seu modelo de acordo.
O que faz uma boa modelagem de homologia?
Se definirmos um "modelo de homologia altamente bem-sucedido" como tendo <=2 Å rmsd da estrutura empírica, então o modelo deve ter >=60% de identidade de sequência com o alvo para um sucesso taxa >70%. Mesmo em identidades de sequência altas (60%-95%), até um em cada dez modelos de homologia tem um rmsd >5 Å vs.
