Métodos baseados em captura de conformação cromossômica (3C) revelam a organização cromossômica dentro do núcleo determinando a proximidade física de pares de pontos ao longo da cromatina. Eles preservam as interações da cromatina por reticulação seguida de fragmentação, ligação e sequenciamento das regiões de interação.
Como funciona a captura da conformação cromossômica?
Captura em chip de conformação cromossômica (4C) captura interações entre um locus e todos os outros loci genômicos. Envolve uma segunda etapa de ligação, para criar fragmentos de DNA autocircularizados, que são usados para realizar PCR inversa. … Em um único microarray, aproximadamente um milhão de interações podem ser analisadas.
O que é captura de conformação de cromatina?
Chromatin Conformation Capture (3C) é uma importante técnica usada para estudar a estrutura da cromatina, bem como a base para várias outras técnicas derivadas. … O protocolo envolve a reticulação de células com formaldeído seguido de isolamento de cromatina e digestão com uma enzima de restrição.
Como funciona o sequenciamento Hi-C?
A abordagem Hi-C estende 3C-Seq para mapear contatos de cromatina em todo o genoma, e também foi aplicada ao estudo de interações de cromatina in situ. Neste método, os complexos DNA-proteína são reticulados com formaldeído. A amostra é fragmentada e o DNA é extraído, ligado e digerido com enzimas de restrição.
O que é a técnica Hi-C?
A técnica clássica de Hi-C envolve digestão por restrição de um genoma reticulado com formaldeído com enzimas de restrição específicas de sequência, seguida de preenchimento e reparo de extremidades digeridas com a incorporação de nucleotídeos ligados à biotina. As extremidades reparadas são então religadas.
